农村信用社信贷管理的主要服务对象是“三农”，通过加强信贷管理促进业务健康有序发展，但由于在信贷管理中存在制度缺失执行不严等制约，给农村信用社可持续发展带来很大的危害，重塑信贷管理制度已成为当务之急。
当前农村信用社信贷管理制度缺失具体体现在以下几个方面：
一、未确立以农户为中心的贷款营销制度
贷款营销是现代银行的商业经营行为，通过营销推广贷款，收集客户资料，掌握客户和市场动态，在同业竞争中赢得先机，实现贷款业务快速发展，而农村信用社墨守成规，抱着坐等客户上门、甚至抱着农户借款是有求于信用社的思想，不请客送礼，贷款审批发放没那么顺利；还一味的与商业银行在城里展开争夺，争客户、争市场，反而丧失了自身的优势。须知，农村信用社的根在农村市场，服务农户是其明智的选择，贷款是其资产的主要形式，也是经营利润的主要来源，未确立以农户为中心的贷款营销制度，一旦农村金融市场有了足够的竞争，农村信用社将失信于农户，并将丧失农村金融主力军的地位和作用。
二、未建立以贷款风险管理为核心授权授信制度
目前农村信用社风险管理意识相对较淡薄，不计成本的粗放经营方式依然存在，贷款发放一把手说了算的领导模式还普遍存在，贷款发放管理本属技术性强的经营行为，应有一套科学的管理制度相匹配，金融业是一个高风险行业，未建立以贷款风险管理为核心的授权授信制度，很容易造成贷款发放额度、期限随意性，任意超规模放贷、超资本金放贷、超权限放贷；容易导致审贷不分，集体审批形同虚设，职责不明确，贷款发生坏账，没有人承担相应的责任，可谓“法不责众”；容易累积不良贷款，潜伏极大的风险隐患。
三、未执行操作规范的信贷管理制度
主要表现为：（一）不能严格按照《贷款通则》中贷款“三查”制度进行贷前调查和贷后跟踪检查，缺乏相关的凭证资料。农村信用社信贷人员普遍认为，借款人都是本地客户，各方面情况都比较熟悉了解，加上借款金额不大，无需形成专门的贷前调查和贷后检查材料；（二）贷款申请书、合同要素不全。如无借款人和保证人的签字（或指纹）、印章，无贷款人审批意见、行政公章、法人代表和经办人签章等；（三）抵押贷款无抵押物。主要表现为借款人用房地产作抵押，未到房地产管理部门办理房产登记，即便登记了也是过期的鉴证，形成房地产抵押无效；（四）信用集中较严重。表现为一个信用社的大部分贷款投向于某一个行业，或者对某一个客户的贷款金额过于集中金额过大，一旦形成风险对信用社的正常营业造成极大的影响；（五）违规账外经营屡禁不止。其违规经营主要采取私设账外账、乱用科目、调整账表和绕规模贷款等形式，并主要投向房地产开发或其他高风险领域，使这部分信贷资产处于巨大的风险之中。
四、未施行贷款责任认定追究的信贷监督制度
严厉的贷款责任追究制度对贷款质量的全程管理和风险防范、杜绝乱放贷款行为是极其有效的，可目前信用社对贷款责任认定追究落实情况不够好，既没有按期对增量贷款的风险情况进行内部通报，也没有对相关责任人员预警提示；对违规放贷的责任人员没有采取进一步的惩罚措施，反而导致信贷人员有恃无恐，违规放贷我行我素，信贷监督制度不能发挥应有的作用。